アリヴェクシス、ModBind_dG(TM)シミュレーション技術に関する論文が米国科学アカデミー紀要(PNAS)に掲載
アリヴェクシス株式会社
アリヴェクシス株式会社（本社：東京都港区、代表取締役CEO 木村 俊 以下、「当社」といいます。）は、当社の計算創薬プラットフォームの最新版であるModBind_dG(TM)に関する論文が公開されましたので、下記のとおりお知らせいたします。
当社グループ計算化学部門ヘッドであるWilliam Sinkoらによる「ModBind_dG: a simulation-based absolute predictor of free energy of binding based on population reweighting」と題したこの研究論文は、米国科学アカデミー紀要である「Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America (PNAS)」に掲載されました。本論文では、当社の革新的なシミュレーション技術であるModBind_dG(TM)について、その方法論、検証結果および応用について報告しています。ModBind_dG(TM)は、リガンドの結合親和性をリファレンス化合物のデータなしに絶対結合自由エネルギーとして、既存のシミュレーションベースの手法と比較して最大で数千倍の速度で迅速かつ正確に予測することを可能にします。当社は、ModBind_dG(TM)を基礎理論から開発し、正確な大規模適用を可能にするために手法を改良してきました。これにより、計算科学駆動型創薬の可能性をさらに広げています。ModBind_dG(TM)は、当社の創薬研究の加速に広く活用しており、製薬企業との共同研究や、自社創薬パイプラインにおける複数の臨床候補化合物の進展を支えてきました。
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図： ModBind_dG(TM)は創薬標的に対する化合物の結合強度を予測する新規の自由エネルギー手法です。加速された結合・乖離シミュレーションが、結合強度予測に必要なデータを高速に計算します。なお、図中の数式は、本手法の根本原理を説明するものです。
＜論文情報＞
タイトル： ModBind_dG: a simulation-based absolute predictor of free energy of binding based on population reweighting
著者名： William Sinko, Blake Mertz, Yoh Terada and S. Roy Kimura （Alivexis, Inc.）
雑誌名： Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America（PNAS）
DOI：
10.1073/pnas.2513285123
論文公開日： 2026年6月15日 （米国東部時間、オンライン）
【アリヴェクシス株式会社 代表取締役CEO 木村 俊のコメント】
「当社の中核技術となる計算創薬プラットフォームの最新版であるModBind_dG(TM)に関する研究論文の掲載を発表できることを大変嬉しく思います。本論文の掲載は、当社の自社創薬パイプラインおよび製薬企業との共同研究にすでに貢献している技術の科学的基盤を示す重要なマイルストーンです。ModBind_dG(TM)は、結合自由エネルギーの迅速かつ正確な絶対予測を可能にすることで、質の高い低分子医薬品候補を創出し、戦略的パートナーシップを通じて価値を創造する当社の能力をさらに強化するものです。」
【当社米国子会社Alivexis, Inc. Head of Computational Chemistry, William Sinkoのコメント】
「ModBind_dG(TM)は、厳密なシミュレーションベースの方法論により、絶対結合自由エネルギーを推定することでリガンドの結合親和性を予測します。加速サンプリング条件下で分子の物理的な解離過程をシミュレーションし、結合状態と非結合状態の存在割合の比を決定することで、絶対結合自由エネルギーを直接求めます。この理論的枠組みとシミュレーションプロトコルの最適化により、計算時間を桁違いに削減しながら、正確な自由エネルギー予測を行う道が開かれました。本手法は、初期ヒット化合物の探索からリード最適化まで、創薬初期段階における化合物評価を支援できると考えています。」
アリヴェクシス株式会社について
会社名：アリヴェクシス株式会社 /Alivexis, Inc.
所在地：東京都港区新橋1丁目18番21号 第一日比谷ビル7階
代表者：代表取締役CEO 木村 俊、 代表取締役COO 大野一樹
設立：2016年8月8日
URL：
https://alivexis.com
事業内容：最先端創薬テクノロジーとAIを駆使したネットワーク型創薬企業
プレスリリース提供：PR TIMES
記事提供：PRTimes
