レトリバ、核酸医薬品向け高速塩基配列検索システム「GGGenome パッケージ版 創薬基本パック 2026年版」を提供開始
株式会社レトリバ
株式会社レトリバ（本社：東京都豊島区、代表取締役：田口琢也）は、核酸医薬品（RNAやDNAを利用した新しいモダリティ医薬品）向け高速塩基配列検索システム「GGGenome パッケージ版 創薬基本パック 2026年版」の提供を開始しました。今回の2026年版では、RefSeq release 230およびD3G 26.03への対応に加え、大規模検索の高速化機能やExon/Intron指定検索の強化を実施し、創薬研究におけるオフターゲット評価（標的以外の遺伝子へ作用する可能性の評価）の効率化を支援します。
近年、siRNAやASOをはじめとした核酸医薬品の研究開発が拡大する中、オフターゲット作用の高精度な評価や、最新のデータベースを用いた安全性評価の重要性が高まっています。
GGGenomeは、短鎖塩基配列に対する高速かつ漏れのない検索を実現する塩基配列検索システムです。核酸医薬品の研究開発において重要となるオフターゲット評価を支援し、創薬候補配列の探索、安全性評価、大規模配列設計の効率化に貢献します。
レトリバの提供するGGGenome パッケージ版は、オフラインでGGGenomeを利用できる製品であり、製薬企業、バイオテック、CRO、アカデミアで利用されています。
最新のRefSeq release 230およびD3G 26.03データベースへの更新に加え、検索処理の高速化、検索対象DBのメモリ常駐機能、一括検索機能の強化などを実施しました。これにより、製薬企業・バイオテック企業における大規模スクリーニングや核酸医薬品設計ワークフローをさらに高速化します。
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https://prcdn.freetls.fastly.net/release_image/22635/107/22635-107-fc51df7d7bb64c63fd51fecf24121301-1440x870.png?width=536&quality=85%2C75&format=jpeg&auto=webp&fit=bounds&bg-color=fff ]
核酸医薬品は20塩基前後の短い配列を標的とするため、従来利用されてきた汎用塩基配列検索ツールでは、ミスマッチや挿入・⽋失を含む検索において検索漏れが発生する場合があります。
GGGenomeは、短鎖配列検索に特化したアルゴリズムを採用し、ミスマッチやギャップを含む検索においても、高速かつ漏れのない検索を実現します。国立遺伝学研究所ライフサイエンス統合データベース部門（DBCLS）によりウェブ版（https://gggenome.dbcls.jp）が提供されています。（以下、パッケージ版と区別するために「GGGenomeウェブ版」と表記します。）
また、核酸医薬品の設計に重要となるpre-mRNA（スプライシング前のRNA）のデータを含むデータベース「D3G（※）」を統合しており、イントロン領域を含めた標的探索を実現しています。
さらに、GGGenomeはPMDAへの申請における核酸医薬品の安全性評価でも活用実績があります。
※ D3Gとは
D3GはAMEDゲノム創薬基盤推進研究事業河合班（2017～2022年度）において構築され、現在は川路班「ゲノム情報を活用した新規創薬ターゲットの探索等の基盤整備に関する研究」（2023年度～）により維持されています。核酸医薬の開発や薬事申請に広く用いられており、GGGenome ウェブ版からも検索できます。
https://d3g.io/
- オフライン環境で利用可能GGGenomeパッケージ版はポータブルSSDにインストールされた状態で提供され、インターネット接続不要のオフライン環境で利用できます。これにより、創薬候補情報、配列情報などの機密情報を外部へ送信することなく、安全に検索・解析を実行できます。- 大規模検索向けに制限を緩和ウェブ版では制限されている検索件数・検索時間を大幅に緩和し、検索結果件数が多く負担の大きい検索を可能にしています。（検索件数・検索時間の制限緩和の一例）・API利用時の結果件数の上限：最大1,000万件・検索エンジン内部のヒット件数の上限：最大10億件・検索のタイムアウト上限：最大24時間- 注目遺伝子ハイライト機能指定した注目遺伝子を検索結果内でハイライト表示し、検索結果の絞り込み、CSV出力、ハイライト表示を実現します。これにより、大量の検索結果からリスクの高いオフターゲット候補遺伝子を効率的に抽出できます。- 一括検索支援「Bioret tool」Bioret toolにより、複数クエリの一括検索、複数DB横断検索、スプライシング前後の結果統合、実行履歴管理、サマリ出力ができます。これにより、タンパク質翻訳領域への影響評価、安全性リスクの早期スクリーニング、候補配列の大規模配列設計高速化を支援します。- オリジナル検索UI（ベータ版）オリジナル検索UI（ベータ版）では、検索結果を転写産物のメタ情報（遺伝子名、CDS/UTR領域、Exon/Intron領域など）で抽出することができます。これにより、CDS領域やイントロン領域など、目的に応じた検索結果の抽出が可能となり、機能的影響の評価効率向上を支援します。
最新データベースへの対応
核酸医薬の開発や薬事申請では、新しいデータベースを用いたオフターゲット評価が求められます。
創薬基本パック2026年版では、RefSeq release 230、D3G 26.03へ対応しました。
対象生物種は、創薬の基本となるヒト、マウス、ラット、ウサギ、カニクイザル、アカゲザル、マーモセット、イヌ、ブタの9種です。
[画像2:
https://prcdn.freetls.fastly.net/release_image/22635/107/22635-107-2c850a9b2c0bdacd5080f68445237c3a-2932x1369.png?width=536&quality=85%2C75&format=jpeg&auto=webp&fit=bounds&bg-color=fff ]
図1：創薬基本パック2026年版に含まれるデータベース一覧
[画像3:
https://prcdn.freetls.fastly.net/release_image/22635/107/22635-107-eae871c974fbc31cda26aa493128f9b4-2641x1389.png?width=536&quality=85%2C75&format=jpeg&auto=webp&fit=bounds&bg-color=fff ]
図2：RefSeq release 225から230 の更新内容
[画像4:
https://prcdn.freetls.fastly.net/release_image/22635/107/22635-107-33c09494eb8ba351abd25d518ddede18-2485x1051.png?width=536&quality=85%2C75&format=jpeg&auto=webp&fit=bounds&bg-color=fff ]
図3：D3G 25.03から26.03 更新内容
2026年版では、
- 検索結果件数の上限を設定して検索する機能- 検索対象DBをメモリへ常駐させる機能
を追加しました。これにより、検索処理の負荷を効率的に制御しながら、大規模データに対する検索性能を向上し、より軽快な絞り込み操作が可能になりました。
さらに2026年版では、Exon/Intron指定検索を一括検索にも対応しました。
GGGenomeは、核酸医薬設計統合プラットフォーム「ORIGENICS」とも連携しています。
ORIGENICSは、
- siRNA - ASO - CRISPR-Cas gRNA
などの設計からオフターゲット評価までを統合的に一貫して実施するプラットフォームです。
NCBI datasets API、ClinVarなどの外部データベースやGGGenomeに含まれる内部データベースと連携し、設計と安全性評価を同時に進めることで、創薬研究における手戻り削減を支援します。
GGGenome パッケージ版はポータブルSSDにインストールされた状態で提供されます。
レトリバは今後も、核酸医薬品設計、オフターゲット解析の高度化を推進し、創薬研究の高速化と安全性向上に貢献してまいります。
レトリバは「AI技術で、人を支援する。」を掲げ、LLMや生成AIを活用した企業向けAIソリューションを提供しています。RAGやAIエージェント構築など、自然言語処理を軸に実用性の高い支援を行っています。
所在地：東京都豊島区西池袋1-11-1 メトロポリタンプラザビル14F WeWork内
代表者：代表取締役CEO 田口琢也
事業内容：自然言語処理及び機械学習を用いたソフトウェアの研究・開発・販売・導入およびサポート
コーポレートサイトURL：
https://retrieva.jp
本件に関するお問合せ：株式会社レトリバ
担当者：折原 pr@retrieva.jp
―INFORMATION―
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採用サイトURL：
https://retrieva.jp/recruitプレスリリース提供：PR TIMES
記事提供：PRTimes
